Vertreter der Sicherheitskräfte in der besonders schwer betroffenen Stadt Maiduguri schätzen die Zahl der Toten allein dort auf "mehr als 600". Zunächst hatte die Polizei von insgesamt 300 bis 400 Toten gesprochen.
Eine Sprecherin des Roten Kreuzes befürchtete den Ausbruch von Seuchen in Maiduguri, wo hunderte Leichen tagelang auf der Strasse lagen. Am Wochenende begannen die ersten Massenbegräbnisse.
Die Auseinandersetzungen hatten am vergangenen Wochenende begonnen und sich auf fünf Bundesstaaten im mehrheitlich islamischen Norden Nigerias erstreckt. Maiduguri war ein Zentrum der radikalislamischen Sekte Boko Haram - wörtlich "Westliche Bildung ist Sünde" - deren Führer Mohammed Yusuf in der Stadt lebte.
Der 39-jährige Sektenführer war Donnerstagnacht erschossen worden. Die Umstände seines Todes im Polizeigewahrsam sind weiterhin rätselhaft.
Hauptmann Ben Ahanotu, der Einsatzleiter der Armee, hatte Yusuf nach eigenen Angaben festgenommen und der Polizei übergeben. Wenige Stunden später erschossen die Polizisten den Sektenführer und begründeten dies mit einem Fluchtversuch.
Dem harten Polizeieinsatz fielen nach Angaben von Menschenrechtsorganisationen auch zahlreiche Zivilisten zum Opfer. Die Polizei habe willkürlich geschossen, sagte Shamake Gad Peter von der nigerianischen Menschenrechtsliga dem UNO-Nachrichtendienst IRIN.
Andere Augenzeugen hätten beobachtet, wie Polizisten gefangene Sektenmitglieder vor einer Polizeistation aus nächster Nähe erschossen hätten.